刻针灸问对叙序卷之上卷之中三才法候气法十四法卷之下十五络脉歌周身经穴相去分寸歌肺经大肠经胃经脾经心经小肠经肾经膀胱经心包络经三焦经胆经肝经督脉任脉经穴起止歌十二经纳支干歌天心十一穴歌经脉交会八穴歌八会
卷上痘疹发微惊风卷中论望色论芤脉论人参论犀角杂记卷下三疟治验神水治验制神水秘法妇科验方
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕
原序上卷桂枝汤证桂枝汤证其一桂枝汤证其二桂枝汤证其三桂枝汤证其四（附列门人治验）桂枝汤证其五（附列门人治验）桂枝汤证其六（附列门人治验）麻黄汤证麻黄汤证其一麻黄汤证其二麻黄汤证其三麻黄汤证其四葛根汤证
赵叙题词弁言苦口婆心语论湿温证用药之误麻证喉痛以喉证治之必死说附录天保采薇汤方急慢惊风辨产前以攻病为安胎说产后以甘温退虚热说为虚弱人及幼孩治实证遇当用克伐之药者宜早宜重说小儿难治之症有四说夹阴证邪说害
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
奇经八脉总说八脉阴维脉阳维脉二维为病阴跷脉阳跷脉二跷为病冲脉冲脉为病任脉任脉为病督脉督脉为病带脉带脉为病气口九道脉释音
卷一明堂灸经序铜人针灸经序太平圣惠方针经序流注针经序常山阎明广序燕山牛良 序资生经序赵编序大德丁未阆中郡蒲登辰序流注指微针赋针经标幽赋流注通玄指要赋九针论灸刺论卷二论针之名论三阳三阴经脉论虚实补泻论下
前言上篇 内科疾病第一章 呼吸系统疾病急性上呼吸道感染慢性支气管炎支气管扩张症支气管哮喘肺脓肿肺结核阻塞性肺气肿慢性肺源性心脏病胸腔积液自发性气胸第二章 心血管系统疾病冠心病心律失常心力衰竭老年高血压
自叙卷上·经络脏腑无气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论卷上·脉诊脉决死生论症脉轻重论脉症与病相反论卷上·病中风论臌膈论寒热